Le Temple de Chêne-Bougeries a été construit en 1758 sur un plan elliptique de Jean-Louis Calandrini. Il ne dispose au départ d’aucun instrument, suivant en cela la tradition calviniste en vigueur. Une première tentative d’introduire un instrument vers 1840 se solde par un échec, suite à de vives résistances de paroissiens. En 1879, après un concert « d’essai », un harmonium est installé dans le Temple, sous la galerie. En 1890, un premier orgue mécanique est offert par une paroissienne.
L’orgue ne suffisant pas aux besoins, trois devis sont demandés en 1926 aux maisons Wolf, Kuhn et Tschanun qui oscillent entre 38 et 40'000 francs. L’organiste Alexandre Mottu, mandaté comme expert, recommande de s'adresser à Tschanun à Genève plutôt que Wolf à Fribourg, attendu que Tschanun a une partie de sa famille protestante... L’ancien orgue est démonté et vendu à Tschanun qui le revendra à l’église catholique d’Yverdon où il se trouve toujours.
L’orgue est inauguré le 23 novembre 1930 par Bernard Reichel, élu titulaire, Henri Gagnebin et Otto Barblan. On l’acclame comme « un instrument merveilleux ». Il est doté de 29 jeux sur 3 claviers, avec transmission mécanique et machine Barker. Le projet prévoyait de rendre le positif expressif, mais il faudra y renoncer faute de place.
Après deux propositions de buffet de Tschanun refusées par la commission des sites du Conseil d’Etat, il est décidé de confier le travail à l’architecte Louis Minner, déjà auteur de la nouvelle sacristie récemment ajoutée. Il est réalisé en noyer plaqué par l’entreprise Mottu frères de Chêne-Bougeries et financé par la municipalité de Chêne-Bougeries. Le positif de dos nécessite la modification de la courbure de la galerie.
Un premier relevage avec quelques modifications de l’orgue a lieu en 1948 par la Manufacture de Genève (Ziegler). La restauration du Temple faite en 1957 occasionne des dégâts dans l’orgue et l’accumulation de la poussière dans le buffet impose un second relevage en 1963 par la même manufacture (Glättli), qui poursuit la baroquisation de l’orgue. En 1969, le titulaire lance un premier cri d’alarme sur l’état de l’orgue. Georges Lhôte, facteur-conseil et habitant de Thônex, livre une expertise soulignant l’état désastreux de l’orgue, principalement de la partie pneumatique qui résiste mal à l’usure du temps. Il suggère la construction d’un nouvel orgue avec réutilisation d’une partie de la tuyauterie existante, ainsi que la conservation du buffet.
Il paraît clair que le changement d’esthétique sonore entre les années 30 et les années 70 pousse également à ce remplacement : l’ajout ou la modification de jeux vers l’aigu lors du relevage de 1963 marque déjà une rupture avec la conception originale de l’orgue. Le nouvel instrument se devra donc d’être néo-baroque.
Le projet ne peut cependant pas voir le jour aussi rapidement que souhaité : le centre paroissial de Chêne-Bourg est inauguré en 1972 et impose à la paroisse des dépenses auxquelles elle ne peut ajouter celles de l’orgue. Une commission pour les nouvelles orgues est constituée en 1974. Elle organisera 4 fêtes, 27 concerts, suscitera des dons et réunira avec patience et persévérance la somme nécessaire au paiement de l’orgue.
Le contrat est signé en 1976 avec J.Neidhart (Manufacture de St-Martin), à la condition que l’harmonisation soit réalisée par Georges Lhôte. Le prix est fixé à 259'000 francs – il s’élèvera finalement à près de 279'000 francs.
Après dix ans d’efforts, de concerts et de tractations, le nouvel orgue arrive dans le Temple le 28 août 1979 et est inauguré le 25 novembre de la même année par le titulaire, Lionel Vaucher.
Dans le cadre de la restauration complète du Temple en 2007-2008, un relevage de l’orgue est réalisé en 2008.